Преподобен Јоаникиј се родил во Охрид, на 7 јануари 1847 година, а на крштението го добил името Јован.
Монашки потстриг примил на 17 јануари 1873 година, во манастирот „Свети вмч. Пантелејмон“, Нерези, со името Јоаникиј.
Година и половина по замонашувањето преминал во манастирот „Свети Илија“, село Бањани, а во 1874 година останал во братството на Марковиот манастир, за најпосле да се насели во селото Ракотинци и таму да го обнови манастирот „Свети Илија“.
Како најобразован во тоа време, во 1896 година подигнал и основно училиште за деца.
Живеел во исклучително тешко време, за време на турското владеење, Балканските и Првата светска војна, со тешки искушенија и притисоци, и сенародно страдание. Во 1913 година бил произведен во игумен, а во 1935 година во архимандрит.
Се упокоил на 24 јануари 1940 година.
